生物医学工程是一门高度综合性的交叉学科，它运用现代自然科学和工程技术的原理与方法，从工程学的角度研究生物体（特别是人体）的结构、功能及状态变化，并运用工程技术手段去了解并控制这类变化，以解决生物医学中的有关问题，保障人类健康，为疾病的预防、诊断、治疗和健康服务。
生物医学工程专业设立于2001年，是全国中医药院校中唯一布点的生物医学工程一级学科硕士点，2006年开始招收本科生，学制4年，授予工学学士学位，下设“医疗仪器”和“医学影像工程”2个专业方向，2013年，被遴选为“卓越工程师教育培养计划”（简称卓越计划）试点专业。 我校生物医学工程专业以济南军区总医院、山东省中医院、山东省中西医结合医院等三级甲等医院为教学科研基地，并且配有先进的生物医学检测传感器实验室、医学图像处理实验室等高水平教学实验室，具备良好的教学环境和鲜明的特色。
培养具备生命科学、电子技术、计算机技术、信息科学等基本知识、基本技能与方法，具备医学与工程技术相结合的科研能力，能在生物医学工程、医用仪器及其它电子技术、医疗卫生、信息技术、教育、行政管理等部门从事应用、维护、技术开发、教学、科研和管理工作的复合型高级工程技术人才。
高等数学、线性代数、基础医学概论、中医学基础、电子技术基础、高级语言程序设计、单片机接口技术及其应用、微机原理与接口技术、信号与系统、计算机在医学中的应用、生物医学信号检测与传感器、生物医学信号处理、医学图像处理等。
生物医学工程专业强调生物医学与电子信息科学的交叉与融合，注重培养具有扎实的计算机、信息科学和电子技术基础，宽厚的生物医学工程专业知识，创新意识和工程实践能力较强的理、工、医相结合的复合型高级科学研究与技术开发的专门人才。
近年来，生物医学工程专业学生参加电子设计竞赛、数学建模大赛、“挑战杯”学生课外学术科技作品等，成绩显著，这也是生物医学工程专业学生思维活跃、视野开阔、创新实践能力强的体现。
毕业生可在生物医学工程领域、生物信息领域、各级医疗卫生管理和研究部门、生物医学电子工程、医学仪器以及其它电子技术、计算机技术和信息产业部门从事研究、开发、教学及管理工作。可以报考生物医学工程、信号与信息处理、计算机应用技术、电子工程等相关专业的研究生。品学兼优的学生可以保送攻读硕士学位研究生。近年来，本专业的毕业生中有相当一部分学生选择国内外重点高校继续深造，部分就业的学生进入飞利浦、西门子、GE、迈瑞生物等公司从事相关专业，也有进入华为、中兴等大企业从事计算机、通讯等IT行业工作，部分毕业生去了省（市）级三甲医院就业。
生物医学工程专业建立10年来，为国家和社会培养了大批人才，先后涌现出一批学有所长，能力突出的优秀毕业生。2006级王军杰现任飞利浦（中国）投资有限公司高级销售主任，2008级杨宏伟以专业第一名的优异成绩考取复旦大学研究生，2009级刘双双现任新华医疗上海区域经理，2011级尹春燕被保送为山东大学硕士研究生。
