生物医学工程专业是学校开办最早的工科本科专业，经过近二十年的发展，现已是国家特色专业、湖北省品牌专业、湖北省本科专业综合改革试点专业、“荆楚卓越人才”协同育人项目支持专业，也是楚天学者设岗学科专业；同时还另开设校企合作办学创新实验班。在专业办学实践中探索出“理工医”相结合的复合应用型人才培养模式。
培养具有良好政治思想素质、人文和科学素养，具有生命科学、电子技术、计算机与信息科学的有关基础知识，具备将电子技术、计算机与信息科学的理论、方法和技术与生物医学相结合的科学研究能力，能在生物医学工程、电子技术、计算机与信息科学等领域从事教学、科研与开发，特别是在医疗设备的生产、研发、技术支持、质量保证与管理等方面发挥专长的应用型高级专门人才。
主要专业课程有：高等数学、普通物理学、模拟电子技术、数字电子技术、微机原理与接口技术、系统解剖学、生理学、医用传感器、医学影像仪器、医用检验仪器、医用治疗仪器、微机在医学仪器中的应用等。
毕业生主要从事医疗器械工程师、医疗设备管理师、临床医学工程师工作，在大型医院设备科从事医疗设备的采购、保养维护、管理、功能开发；在大中型医疗器械企业从事医疗设备售后服务、营销、安装、调试及研发。
