日语专业成立于七十年代初，曾经培养了72级和73级两届日语专业本科生，后来一直以承担全校本科生和研究生的公共日语课为主。1999年起，为适应清华大学文科发展和解决国内高级日语人才短缺的需要，清华大学外语系正式恢复招收日语专业的本科生。此后，在学科建设方面取得了空前的发展和壮大。从2002年起，日本语言文学专业开始培养硕士研究生。目前，日语专业每年面向全国招收（文科、英语类考生）四年制本科生20～25名，招收2-3年制硕士研究生3-4名。经过近几年的艰苦努力，如今，清华大学日语专业在学科建设、教学改革和人才培养方面都取得了可喜成绩，已跻身于国内日语界的先进行列。 日语专业现有教师14名（教授3名，副教授5名，讲师6名，其中具有博士学位的教师4名，在读博士3名），日本专家2名。日语专业的教师不仅担任日语专业本科生、研究生的教学任务，而且还负责全校各类公共日语课程的教学，每学期面向全校本科生、研究生开设各个层次的日语班有十余个，学生达到600多人。
在科研方面，学术带头人的专业分布合理，涉及的领域比较广。冯峰教授在跨语言交际研究和日语教材开发方面；王彦花教授在日语语法研究方面；张威教授（博士）在日语语言学理论研究和中日比较语言学方面；隽雪艳副教授（博士）在日本古典文学和中日比较文学、比较文化研究方面；王婉莹副教授（博士）在中日词汇对比研究和日语教学法研究方面；冯海鹰讲师（博士）在近现代日本文学研究方面，都具有深厚的学术功底和出色的研究能力。从学术成果的数量和质量而言，清华大学日语学科在国内日语界已经形成一定的优势。
日语专业旨在培养具有较扎实的日语语言基础，较强的日语语言运用能力和具有宽领域、跨学科的人文、科技、经贸等专业知识，毕业后能从事翻译、教学、商贸、管理、国际文化交流等领域工作的复合型高级日语人才。 发扬锐意改革、大胆创新的精神；以“日语、英语、计算机”三位一体平衡发展为基础；以培养学生的综合性素质和实际工作能力为宗旨；以向社会输送真正符合21世纪实际需求的高层次日语人才为目标，建设具有清华特色的日语学科。
日语专业课分为专业必修课和专业限选课两种。专业必修课主要有基础日语、听力、会话、泛读、精读、视听、影视欣赏、语法、口译、笔译、基础写作、论文写作等；专业限选课有日本社会、日本文化、日本文学史、日本文学选读、报刊选读、古典语法、日本语言研究基础、日本文化研究基础等。此外，还设有选修课程，如国际金融、法学基础、国际贸易、经济管理、涉外经济法等。重视并加大英语课程教学力度，四年不断线；计算机课程的要求按全校文科类学生统一安排。
依托本校理工科的雄厚背景资源、多学科的软硬件优势，文理结合，日语专业学生可以选修各院、系、所开设的一系列旨在提高学生全面素质的全校性选修课，品学兼优者可以享受各种奖学金和助学金。 日语专业的学生除享受各类校级奖学金的名额外，还有机会享受日本企业专门为本专业学生提供的奖学金（比例高达25%）。例如，日本伊藤谢恩育英财团在本专业设立了“日本语履修奖学金”，提供给本专业二年级、三年级、四年级共15名同学，每人每年合人民币3600元，给日语专业的发展带来了很大帮助。此外，本专业学生在校学习期间每年大约有5-6人具有公派赴日本大学留学的机会。在本科毕业时，大约有1/3的学生有机会享受推研待遇。
